Het Comenius museum is gewijd aan het leven het en werk van de beroemde Tsjechische geleerde Jan Amos Comenius (1592 – 1670) die in Naarden is begraven. Het museum en de laatste rustplaats van Comenius bevinden zich in een voormalig klooster in de vesting van Naarden. 

Comenius sterft op 15 november 1670 in Amsterdam. Op 22 november wordt hij in de Waalse kerk te Naarden begraven. De predikant van deze kerk J.L. Grouwels is een aangetrouwd lid van de familie De Geer die Comenius in Amsterdam ondersteunde.
Dominee Grouwels betaalt voor Comenius' begrafenis. Wat precies de reden is voor deze gang van zaken is tot op heden niet duidelijk. De laatste rustplaats van Comenius raakt tot in de negentiende eeuw in de vergetelheid. Maar met het streven naar onafhankelijkheid in Tsjechië neemt de belangstelling voor Comenius toe.
In 1871 ontdekt de Naardense notaris J.P. de Roeper de plaats van het graf in het originele grafregister van de Waalse kerk. Pas in juli 1929 vindt daadwerkelijk onderzoek plaats.
Op de aangewezen plaats worden boven Comenius de stoffelijke resten van M. Brouwerius van Nidek, een oudheidkundige (overleden 1742), en L. Guerre, een officier van het garnizoen (overleden 1750) aangetroffen. 
Na laboratoriumonderzoek worden de drie heren op 25 juli 1929 op de oorspronkelijke plaats herbegraven. 

 In 1933 besluit de Nederlandse regering de voormalige kapel aan Tsjecho-Slowakije over te dragen voor een symbolische erfpacht van een gulden per jaar. De ondertekening vindt plaats op de geboortedag van Comenius, 28 maart. De Tsjechoslowaken krijgen hierbij de vrije hand bij de inrichting. 

In de periode van 1933 tot 1937 wordt de ruimte gerestaureerd en ingericht als mausoleum. Het ontwerp van de Tsjechische architect Ladislav Machoñ wordt uitgevoerd door drie bekende Tsjechische kunstenaars: Jaroslav Benda (glaswerk), Jaroslav Horejc (koorhek met beelden en kandelaar) en Karel Štipl (houtsnijwerk); allen professor aan de Kunstnijverheidsschool te Praag. In de nis aan de noordwand bevindt zich een gedenkplaat van koningin Wilhelmina met het opschrift 'Tandem fit surculus arbor' (Eindelijk is de twijg een boom geworden). Deze leus is aan het Huis van Oranje verbonden door de zoon van Willem van Oranje, prins Maurits, toen hij in 1586 bevelhebber werd. De leus lijkt ook toepasselijk op het kort voor de inrichting onafhankelijk geworden Tsjecho-Slowakije. In de tegenovergestelde nis is een gedenkplaats aangebracht van de eerste president van Tsjecho-Slowakije. In vertaling staat er 'President-bevrijder T.G. Masaryk 1918-1935. Daaronder het citaat van Comenius:
'Ik vertrouw op God, dat na het voorbijgaan der stormen zijns toorns het bestuur uwer zaken bij U zal wederkeren, o Tsjechisch volk!'
Op 8 mei 1937 wordt het mausoleum ingewijd. Sinds die tijd zijn het gebouw en het interieur onveranderd gebleven. De erfpachtovereenkomst daarentegen is na de Duitse inval van Bohemen en Moravië in 1938 door de Nederlandse staat opgezegd.
In de periode 2007 tot 2010 zijn de glas-in-loodramen, de glazen panelen en het houtsnijwerk grondig gerestaureerd.